Muchas veces cuando configuramos nuestro escritorio a nuestro gusto, siempre notamos que cuando lanzamos alguna aplicación gráfica en modo root esta se ve en discordancia con el tema que le tenemos al escritorio, para solventar este pequeño y fácil problema basta con hacer lo siguiente en consola como root para que agarre tanto el theme de gtk, metacity e iconos:
sudo ln -s /home/$USER/.themes /root/.themes
y
sudo ln -s /home/$USER/.icons /root/.icons
cabe aclarar para newbies, que sustituiras el "$user" por tu nombre home user.